自然科学博物館は、教養学部での一般教育に資することを目的として、 1953(昭和28)年に設置されました。東京大学総合文化研究科の自然科学系の教官をメンバーとする 自然科学博物館委員会 (準備委員会は1952(昭和27)年4月発足) によって運営されています。

　旧制第一高等学校時代から引き継がれた、西洋科学や工学の導入期に用いられた実験器具、計測器具、機械などの教育標本をはじめ、鉱物、岩石、化石、動・植物(蝶、キノコ中心)など、優に1万点を超える標本資料を所蔵しています。このほか、火山活動に関する映像資料なども保管しています。
　標本のうち、生物学関連では、日本の蝶類標本、化学関連では、DNA等分子模型などがあります。
　1983年三宅島噴火の関連資料は、学内特定研究費や学部特別経費等の援助もあり、わが国最高の質と量を誇るもので、時に応じて研究・教育の両面に役立っていました。
　自然科学、工学の諸分野にわたるこれらの標本は、公開講座や、博物館を使った授業も行うなど学生教育に活用されています。

　近年では夏期に、自然科学博物館主催の夏休み企画の特別展を開催しています。1階展示室を使用しておこなうこの企画は、お子様から幅広い年齢層の方にご来場いただいています。